【タイトル要約】
全ゲノム関連解析による平均血小板容量に関わる3つの遺伝子座の同定
全ゲノム関連解析による平均血小板容量に関わる3つの遺伝子座の同定
Genomu-wide Association Study Identifies Three Loci Associate with Mean Platelet Volume
Christa Meisinger,1,3,14 Holger Prokisch,2,4,14 Christian Gieger,1,5 Nicole Soranzo,6,7 Divya Mehta,2 Dieter Rosskopf,8 Peter Lichtner,2 Norman Klopp,1 Jonathan Stephens,12 Nicholas A. Watkins,12 Panos Deloukas,6 Andreas Greinacher,9 Wolfgang Koenig,13Matthias Nauck,10 Christian Rimmbach,8 Henry Völzke,11 Annette Peters,1Thomas Illig,1Willem H. Ouwehand,6,12 Thomas Meitinger,2,4 H.-Erich Wichmann,1,5 and Angela DÖring1,*
平均血小板容量の増加は心筋および大脳梗塞の罹患率と死亡率の強い予後因子である。我々は全ゲノム関連解析(GWAS)、KORA(Kooperative Gesundheitsforschung in der Region Augsburg) F3 500K studyによりMPVに3つの一塩基多型(SNPs)が強く関与することを見出した(染色体12q24.3.1にあるWDR66遺伝子イントロン3のrs7961894、染色体3p13-p21にあるARHGEF3遺伝子上流のrs12485738、染色体17q11.2にあるTAOK1遺伝子上流のrs2138852)。
この3つのSNPについて、UKおよびドイツの2つの集団ベースのGWASについて同様に検討した。すべて合わせて10,048検体を分析したところ、それぞれのSNPのp値は、rs7961894: 7.24×10-48、rs12485738: 3.81×10-27、rs2138852: 7.19×10-28であった。この3つの量的形質遺伝子座によってMPVの4%~5%の変異が説明される。
また、極端な382検体について、WDR66遺伝子の塩基配列をさらに調べた。20の新たな変異と、コード領域にある3つのSNPと転写開始位置の1つのSNPからなるMPVに関連するハプロタイプを見出した(p=6.8x10-5)。さらに、発現解析からWDR66転写物とMPVに直接の関連性を認めた。これらの知見は血小板の活性化と機能の理解を深めるだけでなく、新たな研究の方向性をいくつか示唆する。

