変異解析手法をもちいた各種分析論文例

タイトル要約
全ゲノム関連解析による平均血小板容量に関わる3つの遺伝子座の同定
Genomu-wide Association Study Identifies Three Loci Associate with Mean Platelet Volume
Christa Meisinger,1,3,14 Holger Prokisch,2,4,14 Christian Gieger,1,5 Nicole Soranzo,6,7 Divya Mehta,2 Dieter Rosskopf,8 Peter Lichtner,2 Norman Klopp,1 Jonathan Stephens,12 Nicholas A. Watkins,12 Panos Deloukas,6 Andreas Greinacher,9 Wolfgang Koenig,13Matthias Nauck,10 Christian Rimmbach,8 Henry Völzke,11 Annette Peters,1Thomas Illig,1Willem H. Ouwehand,6,12 Thomas Meitinger,2,4 H.-Erich Wichmann,1,5 and Angela DÖring1,*
1Institute of Epidemiology, 2Institute of Human Genetics, Helmholtz Zentrum München, Gerrman Research Center for Environmental Heaalth. 85764 Neuherberg, Germany; 3Central Hospital of Augsburg, MONICA/KORA Myocardial Infraction R3gistry, 86156 Augsburg, Germany; 4Institute of Human Genetics, Technical University, 81765 Munich, Germany; 5Institute of Medical Informatics, Biometry and Epidemiology, Ludwig-Maximilians-Universität,81377 Munich, Germany; 6Wellcome Trust Sanger Institute, Hunxton, Camridge CB10 1SA, UK; 7 King’s College London, Twin Genetic Epidemiology Unit, London SE1 7EH, 8Department of Pharmacology, Center for Pharmacology and Eperimental Therapeutics, 9Institute of Immunology and Transfusion Medicine, 10Institute for Clinical Chemistry and Laboratory Medicine, 11Institute for Community Medicine, Ernst-Moritz-Arndt University, 17487 Greifswald, Germany; 12Department of Haematology, University of Cambridgeand National Health Service Blood and Transplant(NHSBT), Cambridge CB2 OPT, UK; 13University of Ulm Medical Center, Department of Internal Medicine-ⅡCardiology, Ulm 89081, Germany 14 These authors contributed equally to this work *
Correspondence : doering@helmholtz-muenchen.de DOI 10.1016/j.a.jhg.2008.1.015. ©2009 by The American Society of Human Genetics. All rights reserved.

平均血小板容量の増加は心筋および大脳梗塞の罹患率と死亡率の強い予後因子である。我々は全ゲノム関連解析(GWAS)、KORA(Kooperative Gesundheitsforschung in der Region Augsburg) F3 500K studyによりMPVに3つの一塩基多型(SNPs)が強く関与することを見出した(染色体12q24.3.1にあるWDR66遺伝子イントロン3のrs7961894、染色体3p13-p21にあるARHGEF3遺伝子上流のrs12485738、染色体17q11.2にあるTAOK1遺伝子上流のrs2138852)。

この3つのSNPについて、UKおよびドイツの2つの集団ベースのGWASについて同様に検討した。すべて合わせて10,048検体を分析したところ、それぞれのSNPのp値は、rs7961894: 7.24×10-48、rs12485738: 3.81×10-27、rs2138852: 7.19×10-28であった。この3つの量的形質遺伝子座によってMPVの4%~5%の変異が説明される。

また、極端な382検体について、WDR66遺伝子の塩基配列をさらに調べた。20の新たな変異と、コード領域にある3つのSNPと転写開始位置の1つのSNPからなるMPVに関連するハプロタイプを見出した(p=6.8x10-5)。さらに、発現解析からWDR66転写物とMPVに直接の関連性を認めた。これらの知見は血小板の活性化と機能の理解を深めるだけでなく、新たな研究の方向性をいくつか示唆する。

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