【タイトル要約】
COLD-PCRと高分解融解法の組み合わせは、低レベルの癌未知変異の効率よいスキャニングおよび検出のための感度の高い手法となる
COLD-PCRと高分解融解法の組み合わせは、低レベルの癌未知変異の効率よいスキャニングおよび検出のための感度の高い手法となる
Combining COLD-PCR and High-Resolution Melting providers a highly sensitive approach for efficient scanning and identification of low-level unknown cancer mutations
Coren A. Milbury, et al.
癌における体細胞突然変異の分子プロファイリングは大多数の野生型DNAの中にある低レベルのDNA変異を検出する必要がある。変異検出手法の感度と特異性はこのような低出現変異の検出の信頼性によって制限される。最近開発されたCOLD-PCRは、変性温度を厳密に設定して（アンプリコンの変性温度よりも～1℃低く）変異を含むアンプリコンを偏重して増幅させ濃縮する手法で、配列中の変異の位置と無関係に濃縮できるので低レベルの変異を検出するためのいくつかの問題を解決する。
COLD-PCRの一つの特徴は、PCRによる低出現変異の濃縮はダイレクトシークエンシング十分な量に達するということである。しかしながら、ジデオキシシークエンシングは高価であり、シークエンシングの前にハイスループットスキャニングによりスクリーニングすることには魅力がある。
高分解融解法(HRM)はシークエンシングの前に未知変異をスキャニングするのに使われる手法であるが、検出した変異を特定することはできない。そこで、低いレベルの未知変異を濃縮、スキャニング、同定する方法としてCOLD-PCRとHRM変異スキャニングを組み合わせ、そこで変異陽性となった試料についてダイレクトシークエンシングする方法を検討した。
