変異解析手法をもちいた各種分析論文例

【タイトル要約】
高分解融解曲線解析(HRM)による検査ガイドライン：96-ウェル LightScanner™によるBRCA1変異スキャニングの施設間バリデーション
Diagnostic Guidelines for High-Resolution Melting Curve(HRM) Analysis: An Interlaboratory Validation of BRCA1 Mutation Scanning Using the 96-Well LightScanner™
Nienke van der Stoep, et al.
Human Mutation 2009, 30, 899
Nienke van der Stoep,1* Chantal D.M. van Paridon,1 Tom Janssens,3Petra Krenkova,2 Alexandra Stambergova,2 Milan Macek,2 Gert Matthijs,3 and Egbert Bakker1
  1. Center for Human and Clinical Genetics, Lieden University Medical Center, Leiden, The Netherland;
  2. Institute of Biology and Medical Genetics, Charles University, Prague, Czech Republic;
  3. Center for Human Genetics, University of Leuven, Leuven, Belgium
For the Focus Section on HRMA Technology
Received 4 December 2008; accepted revised manuscript 10 Feb. 2009.
Published online 3 March 2009 in Wiley InterScience(www.interscience.wiley.com).
D01 10.1002/humu.21004

BRCA1のシークエンシングによる遺伝子検査の前に、大抵の場合、変性グラジェントゲル電気泳動（DGGE）、プロテイントランケーションテスト(PTT)、DHPLCなどをもちいて遺伝子をスキャニングする。高分解融解曲線解析(HRM)は有望で経済的なハイスループット変異スキャニング法である。

EuroGentestネットワーク (www.eurogentest.org)は診断に新しい技術を導入することを支援している。そこで、我々はLightScanner™（LS)の製造元であるIdaho Technologyと共同で、HRMを徹底的に高い基準を設けて、複数施設で評価およびバリデーションを行った。170の変異検体を用いた詳細な検討から、新規遺伝子のスキャニング法としてのHRMの簡単なセットアップと実行のガイドラインを個々の診断ラボの精度基準に適用できるよう作成した。

本バリデーションスタディーでは、96ウェルLSによるBRCA1に特異的な変異スクリーニングについても報告する。このアッセイは40のアンプリコンを網羅しており、変異とコントロールDNAからなる統計学的に有意な入念に準備されたパネルを用いて評価された。すべてのヘテロ接合変異は検出された。さらに、一般的な9つの多型を分析して、この頻発する非病的変異をスクリーニングして検出する方法を作成した。

患者由来の28のDNAサンプルを用いたブラインドスタディーでは、100％検出され、特異性の平均は98％であり偽陽性の頻度が低いことが示された。

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