変異解析手法をもちいた各種分析論文例

遺伝子変異スキャニングに使われる高分解融解曲線解析法（HR-melt）は効率的な感度の高い配列変異の検出法である。しかしながら、変異をスキャンするアンプリコンの内部に一般的なSNPが存在すると融解曲線の型によるサンプルのクラスター分けが妨害されるため、結果の解釈が困難になり、シークエンシングによる確認を要するサンプルが増えることが考えられる。

高分解融解法により遺伝子スキャンとジェノタイピングを同時に行うプロトコールが報告されている。本報では、大規模症例対照研究にこの方法を用いると感度と効率が上げられることを示す。

変異スキャンを妨害する、標準的なSNPを含むATMの2つのエキソンについて、国際的な乳がん関連遺伝子の研究のための1356検体をスクリーニングした。SNPに特異的な非標識プローブを添加してアシンメトリックPCRを行った。

カスタマイズしたHR-meltソフトウェアによって、プローブとターゲットの融解曲線により検体をSNPの型で分類した。この方法により、頻度の少ない変異および未知の変異の同定が改善され、シークエンスによる確認作業が大幅に減少した。また、一本のプローブでタンデムなSNPをジェノタイピングすることができた。HR-meltは迅速、効率的、経済的な方法で、ハイスループット変異スクリーニング研究、および臨床での遺伝子診断にも使える。